自然界的水晶，有时会有各式各样的包裹物体，这些包裹物若是浑浊的“棉”或者“雾”样，便影响了水晶晶体的透明度，影响了水晶的价值。可水晶中有一些包裹物形体奇特，颜色美观，使水晶整体上更加具有观赏性，也更有收藏价值。

    著名的含有包裹物的珍贵水晶，一是草入水晶（俗称发晶），其内含有金红石、角闪石、电气石等针状矿物包裹体，在一次收藏文化博览会上，曾有一颗无色小水晶晶体，其包裹着一颗鲜红色的小宝石，从上往下看，每一个锥面都有一颗红点。二是彩虹水晶，含有细小气泡或淬体充填裂隙的水晶，这些裂隙通过干涉光产生彩虹。三是被称为“水胆”的水晶，所谓水胆就是水晶中有一个洞，洞内有水，还有气泡，转动水晶时可以看到气泡跑动。这类水晶有时有一个“水胆”，有时有多个“水胆”，加工时不要让小裂隙通向“水胆”，否则水会跑掉。

    还有一种绿水晶，含石针状包裹物；此外还有金红石砂晶、碎云母砂晶、石榴石砂晶、绿泥石砂晶、高岭石砂晶等砂晶，这些矿物颗粒在水晶体中有群体状，也有单个状，呈现出红、绿、紫、黑、金、白等不同颜色，有时发出耀眼的光芒。